Ende des Jahres werden die Samen gereinigt, die im Sommer und Herbst geerntet wurden. Nach dem Trocknen, Sieben, Sortieren und Anschreiben werden sie im Index-Seminum des Botanischen Gartens aufgeführt. Dieser Samenkatalog ermöglicht den Austausch von Saatgut mit fast 250 botanischen Gärten weltweit.

Die Gärtner des Botanischen Gartens Freiburg ernten Samen von zwischen 500 und bis 1000 verschiedenen Pflanzenarten.